Salud

La prueba de coronavirus nunca será prueba de mutación

Cualquier prueba de diagnóstico valiosa tiene su precisión.Puede descubrir la existencia Esto Condición, pero no que Uno; cuando se usa para enfermedades infecciosas, puede distinguir microorganismos que se ven muy similares.

Durante la mayor parte de la pandemia, esta precisión ha sido el principal activo de cientos de pruebas que detectan el SARS-CoV-2. Sin embargo, la capacidad de discriminación de la mayoría de las pruebas también abre una debilidad explotable para el coronavirus. A medida que el virus muta en variantes nuevas y preocupantes, algunas pruebas diseñadas para identificar su iteración original ahora se engañan. Lo que una vez fue un solo objetivo se ha dividido en muchas diana, cada diana es ligeramente diferente de la siguiente, y es difícil para nosotros apuntar.

Esta no es una crisis todavía, tal vez nunca lo sea.la mayoría Las pruebas para todas las versiones conocidas del coronavirus todavía funcionan bien, y los investigadores tienen algunas soluciones que pueden ayudar a otros a combatir la deformación del virus. Pero prestar mucha atención al desempeño de las pruebas es crucial, especialmente cuando hay una pandemia en muchas partes del mundo. «Desde una perspectiva global, es absolutamente necesario que hagamos todo lo posible para asegurarnos de tener un buen control del virus y sus mutaciones», dijo Neha Agarwal, subdirectora del Programa de Diagnóstico PATH, una organización que ha estado rastreando SARS.) Diga. Prueba de CoV-2, dime. Mientras tenga un huésped para infectar, el coronavirus continuará reajustando sus genes, lo que significa que los fabricantes de pruebas deberán seguir de cerca el movimiento del virus y personalizar sus productos para seguirlo. Ha pasado más de un año desde que los expertos observaron este virus por primera vez y es necesario modificar la prueba.


La mayoría de las pruebas de coronavirus implementadas en los Estados Unidos detectan segmentos de ARN específicos, el material genético del genoma viral, y generalmente se seleccionan porque son exclusivos del SARS-CoV-2 (o al menos de la familia de virus en la que se encuentra). Cuando la prueba falla, es porque son quisquillosos. Estas pruebas moleculares buscan manuscritos genómicos con la misma precisión que la función Ctrl + F en una computadora, lo que significa que incluso los errores ortográficos de una sola letra (es decir, mutaciones simples de ARN) pueden confundirlos.

Según la FDA, casi ninguna de estas pruebas está relacionada con mutaciones. Falsos negativos, tal vez a excepción de Accula fabricado por Mesa Biotech. Un documento de la compañía indicó que cuando la prueba encuentra una mutación en un gen llamado N (que produce la proteína de la nucleocápside), a veces queda perplejo, lo que hace que diga incorrectamente que no hay virus. Pero esta es una situación extrema. Las otras tres pruebas moleculares identificadas por la FDA que se ven afectadas por mutaciones aún pueden registrar patógenos, al menos en parte. (Es posible que pronto se agreguen al menos dos pruebas recientes descubiertas por los investigadores a la lista de pruebas cuyas capacidades de detección se han visto debilitadas por variantes pero no han desaparecido).

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Una prueba en la lista de la FDA, TaqPath de Thermo Fisher Scientific, se dirige a un segmento del gen del coronavirus S (que codifica la proteína de pico). La falta de este fragmento en varias variantes preocupantes, incluido el altamente contagioso Alpha (B.1.1.7), que es la forma principal del coronavirus de EE. UU., Hace que S sea efectivamente invisible para TaqPath.Pero la mayoría de las pruebas moleculares, incluida TaqPath, tienen una póliza de seguro de facto: generalmente escanean el genoma muchos Los fragmentos de ARN a la vez (dos, tres y, a veces, más) hacen que sea casi imposible que el virus escape por completo al escrutinio de la prueba.Por ejemplo, TaqPath detecta dos fragmentos de genes adicionales distintos de S, ambos completos en Alpha, Y aún así escupir un resultado positivo.

La prueba de antígeno (una prueba rápida que generalmente se puede realizar fuera del laboratorio) presenta un conjunto de preguntas ligeramente diferente, que puede detectar el coronavirus. proteínaAunque las pruebas moleculares esencialmente escanean el genoma palabra por palabra para una ortografía precisa, una prueba de búsqueda de proteínas es más como un lector que escanea palabras para obtener el significado general. Los errores tipográficos pueden pasar desapercibidos, lo que hace que las pruebas de antígenos sean más difíciles de tratar con mutaciones menores. Sin embargo, aunque las pruebas moleculares generalmente tienen múltiples objetivos, a menudo hay una sola prueba de antígeno, generalmente la proteína de la nucleocápsida, lo que las hace más «vulnerables», dice Alex Graying, director asistente del Laboratorio de Virología Clínica Médica de la Universidad de Washington, Ge. centrar.

En un artículo reciente que aún no se ha publicado en una revista científica, Greninger y sus colegas descubrieron que una prueba común de búsqueda de antígenos de nucleocápside llamada Sofia hecha por Quidel puede no identificar una pequeña cantidad de variantes de coronavirus. Esto marca incorrectamente la muestra infectada como virus. -libre. Greninger me dijo que menos del 0.5% de los genomas del SARS-CoV-2 catalogados hasta ahora tienen mutaciones de confusión de prueba, por lo que la prueba en sí todavía está bien. Pero los errores que comete no son necesariamente anormales. Otro estudio reciente que no ha sido revisado por pares afirma que una prueba realizada por Abbott llamada PanBio tiene problemas similares. PanBio no está disponible en los Estados Unidos, pero es similar a otra prueba realizada por Abbott, BinaxNOW, que ha sido autorizada por la FDA.

(Me comuniqué con los fabricantes detrás de varias de las pruebas afectadas. Quidel y Mesa Biotech no respondieron a las repetidas solicitudes de comentarios. Manoj Gandhi, director médico senior de Thermo Fisher’s Genetic Testing Solutions, dijo que la compañía estaba al tanto del problema pero le dijo a My TaqPath no necesita ser modificado porque tiene «redundancia incorporada». El portavoz de Abbott, Kim Modory, defendió el desempeño de su prueba, afirmando que la compañía «hizo un análisis exhaustivo del nuevo producto». Variaciones, creemos que nuestra prueba sigue siendo eficaz para detectar estas cepas «).

Incluso si son raros, los falsos negativos causados ​​por mutaciones tendrán un efecto dominó en nuestra capacidad para contener el virus. Las pruebas de antígenos han causado controversia porque no son tan buenas como las pruebas moleculares para identificar infecciones, especialmente en personas sin síntomas o con pocos virus. Los falsos negativos pueden poner en peligro a las personas que se someten a estas pruebas y a quienes las rodean al asegurarles falsamente que no están infectadas. También pueden ayudar a que las variantes pasen desapercibidas, distorsionando así nuestra percepción de qué versiones del virus están causando estragos en una comunidad en particular. Una prueba de antígeno positiva generalmente significa la presencia de un coronavirus, pero es cada vez más difícil decir un resultado negativo.

Por esta razón, muchos de los expertos con los que he hablado han puesto sus esperanzas en los métodos moleculares para continuar con las pruebas a medida que el coronavirus continúa dividiéndose en nuevos linajes. Ahora que los científicos han entendido los muchos patrones únicos que producen ciertas mutaciones en las pruebas moleculares, los utilizan como una pantalla preliminar rápida para distinguir diferentes versiones del virus. Por ejemplo, cuando TaqPath detecta dos genes familiares pero no detecta S, el investigador puede marcar la muestra como Alfa candidato. Lo que inicialmente se consideró un error de diagnóstico se ha convertido en una valiosa piedra de toque para la mutación. «Aprovechamos este fracaso», me dijo Esther Barbady, directora médica del Servicio de Microbiología del Centro Oncológico Memorial Sloan Kettering. Otros investigadores, incluida Chantal Vogels de la Universidad de Yale, también han utilizado estrategias similares para desarrollar lo que puede decirle a Alpha De Beta (B.1.351) y gamma (Página 1). Algunas empresas, incluida Thermo Fisher, comercializan productos que pueden hacer esto.

La firma de la mutación registrada en la prueba puede algún día permitir a los médicos proporcionar a los pacientes diagnósticos específicos de mutaciones de forma regular, en lugar de las conversaciones binarias de «coronavirus» o «sin corona» que estamos tratando ahora. Tradicionalmente, estos datos se utilizan directamente en el trabajo de salud pública para rastrear el virus a nivel comunitario. Pero identificar ciertas variantes que pueden evadir la terapia basada en anticuerpos también puede ayudar a guiar el tratamiento de pacientes individuales. No obstante, los expertos enfatizaron que las pruebas estándar de coronavirus no son una forma confiable de examinar completamente las mutaciones. Esto solo se puede hacer secuenciando todo el genoma del patógeno.La secuenciación también es una forma de que los investigadores confirmen la existencia. nuevo De lo contrario, puede confundirse con otras personas o con una variante que evade la atención por completo. Las pruebas y la monitorización genómica son inseparables: si no buscamos variantes, no las podemos encontrar; no podemos diseñar pruebas que sean compatibles con variantes que no conocemos.


La carrera armamentista entre virus y pruebas no es nada nuevo. Las alcaparras mutantes del SARS-CoV-2 son en realidad bastante leves en comparación con los patógenos de paseo salvaje a los que hemos estado expuestos antes. El aumento del virus de la gripe H1N1 en 2009 puso en problemas múltiples pruebas, lo que provocó que los investigadores y las empresas se apresuraran a modificar sus productos, algunos de los cuales eran completamente incapaces de resistir la cepa del virus. En general, los expertos con los que hablé se mostraron optimistas sobre nuestra capacidad para apuntar a las variantes del SARS-CoV-2, especialmente considerando la vertiginosa variedad de pruebas que deben elegir los laboratorios estadounidenses. Incluso si algunos eventualmente fallan, tendremos suficientes copias de seguridad; los fabricantes continuarán parcheando sus pruebas para mantenerlas relevantes. «Honestamente, todo está bien», dijo Greninger. «En el futuro previsible, tendremos un conjunto completo de métodos de diagnóstico».

Ya se están realizando más pruebas, y los fabricantes de pruebas moleculares y de antígenos tienen la intención de diseñarlas para que sean duraderas. Por un lado, se centraron en partes del genoma viral que es poco probable que muten. Ahora que se han secuenciado millones de genomas de SARS-CoV-2, debería ser más fácil identificar regiones de ARN más estables. El método de combinación de etiquetas, que busca múltiples objetivos a la vez, también es un amortiguador contra las mutaciones. Melissa Miller, directora del Laboratorio de Microbiología Clínica de la Facultad de Medicina de la Universidad de Carolina del Norte, me dijo: «Cuantos más objetivos, más flexible es la prueba para cambiar». Esto también ayuda a la prueba a detectar solo un patógeno a la vez , al igual que la combinación de varias palabras clave súper específicas de inserción en Google reducirá el alcance de la búsqueda como. Según David Persing, la prueba Xpert de doble gen de Cepheid está catalogada por la FDA como una de las pruebas «afectadas por la mutación SARS-CoV-2» y está agregando un tercer objetivo a su producto para hacerlo más resistente a la mutación. Jefe Oficial Médico y Tecnológico.

Sin embargo, es difícil para nosotros ignorar el juego del topo en el que nos encerramos.Ninguna prueba puede completamente No obstaculizado por la evolución. El coronavirus ha infectado a más de 170 millones de personas en todo el mundo, y permanecerá con nosotros durante algún tiempo; tiene innumerables oportunidades para evolucionar hacia nuevas formas, mucho más rápido que cualquier prueba en un laboratorio.La naturaleza de la prueba en busca de patógenos. Trasero Invadieron el cuerpo forzando su diseño a volverse reaccionarios. El virus está furioso; la persecución de prueba.

Algunas de estas acciones repentinas serán tortuosas e impredecibles. Pero los expertos me aseguran que los investigadores y las empresas están prestando mucha atención al seguimiento de los muchos cambios en el virus y se aseguran de que las pruebas aún cumplan con los estándares, similar a lo que se ha hecho para la influenza a lo largo de los años. El núcleo de la prueba es mantener el virus a nuestra vista, incluso con uno o dos cambios de ropa.

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